棉铃虫（HeliothisarmigeraHübner）长期以来是我国北方棉区的首要棉花害虫。转基因抗虫棉的推广种植，使棉铃虫防治这一难题得到了很好的解决。抗虫棉田棉铃虫的发生主要有以下特点：一是落卵量与非抗虫棉无显著差异，但存活幼虫较非抗虫棉极显著地减少，３龄以上幼虫更是罕见，故对棉花危害轻。二是中后期大龄幼虫生长发育严重受抑制，化蛹困难，故抗虫棉田的棉铃虫越冬蛹极少。
    实践证明，种植转基因抗虫棉后，棉铃虫防治困难、危害严重的问题已得到有效控制，因而棉铃虫不再是影响棉花生产的主要障碍。但这并不是说可以单独依靠抗虫棉本身对棉铃虫的抗性就能完全控制棉铃虫的危害，生产上还需要其他的辅助措施对棉铃虫进行防治。这首先是因为转基因抗虫棉不是无虫棉，尽管它对棉铃虫具有良好的抗性，但只有棉铃虫取食棉花组织后才能中毒死亡，说明棉铃虫对棉花的危害在先，而中毒死亡在后；其次，虽然利用抗虫棉自身对棉铃虫的抗性，即使不进行任何辅助措施防治，棉花也不至于绝产无收，但产量比适当防治的明显降低，经济损失严重。说明种植转基因抗虫棉只能减轻棉铃虫的防治压力，减少对棉铃虫的用药次数和用药量，提高防治效果，降低治虫成本，而不能完全控制棉铃虫对棉花的危害。有鉴于此，要保证抗虫棉丰产优质，必须在转基因抗虫棉害虫的综合防治策略指导下，针对转基因抗虫棉的生态特点，结合棉铃虫的发生情况，适时地进行必要的防治。主要防治措施如下：①农艺措施。重视棉田及时冬耕冬灌，降低越冬虫源基数；合理肥水，保证抗虫棉Bt毒蛋白充分表达，以提高抗虫棉的抗虫效果；精细整枝修棉，后期及时摘除无效花蕾，剪除空枝，并带出田外集中处理，以减少棉田内虫口数量。②田外阻杀。据调查，种植转基因抗虫棉后，虽然抗虫棉田内棉铃虫的数量明显减少，但是由于作物种植的多样化，使棉铃虫在花生、玉米等作物上的发生量相对增加，尤其是四代棉铃虫在夏玉米上的分布量高达５２.５６％。因此，在棉铃虫发生期间，除注意做好棉田的防治工作外，对其他棉铃虫的寄主田，尤其是夏玉米田也应及时予以防治。
    ③杨树枝把诱杀成虫。每亩插萎蔫枝把１０把，清晨人工捕杀成虫，以减轻棉田内棉铃虫的发生程度。④保护利用天敌。在必须用药防治棉铃虫时，要始终注意选择使用高效、低毒、对天敌杀伤作用较小的环保型农药；在施药技术上，防治二代棉铃虫尽可能采用药剂滴心、涂茎和聚雾喷顶，以减少化学农药对棉花的覆盖度和用药量，给天敌创造更大的生存空间，最大限度地保护利用天敌的自然控害作用。
    ⑤喷药防治。二代棉铃虫于６月１０日起、三代棉铃虫于７月１０日起、四代棉铃虫于８月１０日起，分别在棉田内对角线５点取样，每点２０株，每３天调查一次棉铃虫的落卵量和幼虫数量，当二代棉铃虫百株卵量超过３００粒或百株２龄以下幼虫达２０头，三代棉铃虫百株卵量８０～１２０粒或百株幼虫１５头，四代棉铃虫百株幼虫８～１０头时，均需施药防治。根据转基因抗虫棉生长前期对农药的杀虫效果表现不敏感、后期表现敏感的特点，防治二代棉铃虫时，可考虑使用价格便宜、对棉铃虫防效适中的农药品种，如可用２０％灭多威乳油１５００～２０００倍、４０％久效磷乳油１０００～１５００倍、５０％水胺硫磷乳油８００～１０００倍、５０％辛硫磷乳油１５００～２０００倍稀释液喷雾防治。防治三、四代棉铃虫可选用价格适中、对棉铃虫防治效果好的农药品种，如可用５０％丙溴磷乳油１０００～２０００倍、３５％硫丹乳油１０００～２０００倍、２４％高氯辛乳油１０００倍、２.５％高效氯氟氰菊酯微乳剂或４.５％高效氯氰菊酯乳油１０００～１５００倍稀释液，喷雾防治。